Генные системы нередко характеризуются особыми типами сцепления. Следовательно, межвидовые различия — это различия не только в генных системах, но также и в наборах сцепленных генов или в системах сцепления. Известны системы сцепления разных типов. Помимо обычного сцепления генов в стандартных хромосомах существуют сцепления, затрагивающие лишь определенные типы генных систем; примерами служат: многофакторное сцепление, сцепление М—V, сцепленные функциональные генные системы, сцепленные адаптивные генные комбинации и сбалансированные полигенные системы.
Две из этих систем имеют отношение к эволюционным процессам, которые будут обсуждаться в последующих главах. Эти системы кратко рассматриваются ниже. Обзор систем сцепления в целом можно найти у Гранта [294].
Хромосомные перестройки тесно связаны с системами сцепления. Хромосомы — это носители обычных для данного вида групп сцепления. Структурные перестройки — источник изменений обычного сцепления. Некоторые, перестройки в гомозиготном или гетерозиготном состоянии служат "носителями систем сцепления определенных типов.